o Implementer getSequence(as.tring = TRUE) pour ne pas vectoriser les chaines
  de caracteres automatiquement pour les requestes Web. Une fois implemente dans
  la version du CRAN de seqinr, modifier le script de 
  http://pbil.univ-lyon1.fr/members/lobry/repro/bioinfo04/

o Etudier la faisabilite de recuperer les sequences en mode compresse.
  (idee de Christian depuis de Bresil)
  Implementer la possibilite de rapatrier directement les sequences au format
  fasta et autres du serveur avec
  extractseqs&{lrank=xx|seqnum=xx}&format=xx&operation=xx[&feature="xx"][&bounds="xx"][&minbounds="xx"]\n
  Utiliser l'API en C
  
o Pour read.alignment il manque des exemples pour le format fasta et clustal.


o Mettre un note of caution dans la doc a propos des query(..., virtual = TRUE):
  les infos sont definitivement perdues si la socket est fermee.
  
  
o dia.bactgensize() ne marche plus parce que l'URL n'est plus bonne. J'ai
  corrige ca en dur dans tdr222 (code chunk a la fin) mais je me demande
  si on ferait mieux de pas bazarder cette fonction. Bon, on peut voir si
  la modif de tdr222 tient la route un peu et laisser tomber sinon.

o getType() appele sans argument ne se demerde pas tout seul comme un grand
  pour trouver la socket qui va bien de la banque ouverte par defaut (comme
  le fait query() par exemple. 

o Le site web pour la reproductibilite de l'article Bioinfo 
  http://pbil.univ-lyon1.fr/members/lobry/repro/bioinfo04/
  utilise une version obsolete de R et de seqinR. Le garder dans
  un coin et l'adapter a la derniere mouture de seqinR.

o Probleme souleve par GP, une requeste de type f=nonmfic ne marche pas :

  read.table("sequence")
       V1
  1 AE013218

  > query("lista","f=sequence")

   Error in query("lista", "f=sequence") : invalid request:"file does not exist or is not adequate at (^): \"f=(^)sequence\""

  Mettre au moins la doc a jour (unimplemented)
  
o La fonction uco() pour calculer l'usage du code :

  Elle ne gère pas correctement le code génétique pour les RSCU (mais bon, les RSCU
  c'est de la merde de toute façons).
  Elle ne récupère pas automatiquement la phase et le code génétique, la propager
  comme pour getTrans().
  


o La phase est perdue quand on fait un GC2() ou un GC3(), la propager comme
  pour getTrans.

o Exemples de calculs d'indices d'usage du code dans la vignette du package

o Fichier CITATION a modifier quand ref disponible.


o Il vaudrait mieux que les exemples de la vignette soient si possible fait
  sur des banques frozen, sauf a montrer l'interest des daily updates.
  
o Mettre un fichier par fonction dans seqinr/R/ ?

o Faire en sorte que les erreurs du serveur ne generent pas d'erreur (stop)
  pour pouvoir mettre les examples en run et pas en dontrun. Ne faire que des
  warnings() sauf cas graves et mettre les exemple en suppressWarnings(expr).
  Donc try-catch(de tous les stop) des fonction de base...
  
o Recuperer automatiquement les annotations en entier.

o Probleme souleve par Marcus G Daniels 

	Hello,

	It seems to me that it is a bug in read.fasta that substr goes to nchar(nomseq) instead of nchar(nomseq[[i]]).
	The result of the current behavior (the former) is that some sequence names get truncated.

	Thanks!
  Le remercier dans la vignette. 


------ PENDING --------


o Ka/Ks qui plante (voir avec Anouk). Truc zarbi: plus de NA dans la vignette
  a partir de la 2.1.1.... A suivre.

o Le probleme du controsle trop strict sur acgt comme seuls chars acceptes. 
  Faire une option professionnelle read.fasta(checkIUPAC= c("dnastrict", "dnaambiguous",
  aastrict","aaambiguous","relax"), gapallowed = FALSE, gapchar = "-", forcetolower = FALSE)
  pour couvrir les cas les plus courrants sans perdre en tests inutiles. Le top, faire
  un "oracle" pour deviner le bon truc.
  
o Mettre la doc a jour sur la gestion des caracteres ambigus dans la vignette.

------ TOUT CA, CA A DEJA ETE FAIT ---

o Mettre les downloads() de la vignette en data() de seqinR. -- Fait JRL pour 1.0-4

o Changer le mainteneur du site web de seqinR et mettre à jour. -- SP dec 2005

o Le bug qui survenait lorsque l'on fait un getAnnots avec un nombre de lignes  egal
  a 0 est resolu.   - SP
 
o Supprimer ou modifier le script compile qui est  est obsolete   - SP

o Revoir tablecode (Christian Request) e-mail du Tue, 26 Jul 2005 14:08:28 +0200
  tablecode a deux problèmes:
  1) de manière bizarre Ile se positionne mal, pourtant il semble que tu ais 
     bien utilisé une police fixe
  2) la dernière ligne est barrée, il faut décaler davantage la ligne de fin du tableau
  
  Faire une version qui genere la table en LaTeX (idee de Zan)
  
  Option LaTex Fait - JRL pour la 1.0-4 
  Bug de Christian difficile a reproduire, laisse beton.

o La fonction uco() pour calculer l'usage du code n'est pas tres rapide. - JRL pour 1.0-4
  Par exemple :
  > data(ec999)
  > system.time(tmp<-lapply(ec999,uco))
  [1]  82.83   1.59 104.63   0.00   0.00
  Plus d'une minute pour calculer l'usage du code de 999 CDS, c'est vraiment pas terrible.
  06-DEC-2005 - JRL:
  identification du facteur limitant : c'est splitseq() :
  > data(ec999)
  > system.time(tmp<-lapply(ec999,splitseq))
  [1] 60.59  0.73 72.55  0.00  0.00
  OK, j'ai commite une modif de splitseq() entierement re-ecrit, gain d'un facteur 10 environ
  > system.time(tmp<-lapply(ec999,uco))
  [1] 8.43 0.11 8.65 0.00 0.00
  
  Elle calcule le RSCU et les frequences relatives pour rien quand on en a pas besoin.
  C'est aussi modifie, ca ne gagne pas grand chose en perf - JRL pour 1.0-4

  
o Recuperation du code genetique qui va bien ? A verifier de pres, important.
  C'est fait dans la 1.0-3 normalement.

o Bug a 10^6 de getfrag (voir avec Delphine). Fait dans 1.0-3.

o Identification du client en tant que seqinr (Manolo request). Fait dans 1.0-3.

o Changer le DESCRIPTION du package pour changer le mainteneur. Verifier
  la visiblite (ce qui est vu de l'exterieur, i.e. sur le CRAN, voir avec Zan).
  Fait depuis la 1.0-3.

o Refbiblio a mettre a jour (article seqinr pour credibiliser le truc). Voir
  aussi citation() pour retourner la bonne ref.
  citation("seqinr") est mis en place depuis la 1.0-3, attente de la ref definitive.
